Historia ostatniego oszklenia katedry NMP we Fromborku zaczęła się, w sposób dość niezwykły w lipcu roku 1867, kiedy to potężna burza gradowa spowodowała poważne uszkodzenie okien (zwłaszcza północnych). Wkrótce po tym wydarzeniu kapituła fromborska podjęła decyzję o ich odnowieniu
Do tej pory w katedralnych oknach znajdowało się bezbarawne, ołowiowe przeszklenie w postaci romboidalnej kratownicy, jedynie od północnej strony ubogacone kolorowym obramieniem. Tylko w Kaplicy Polskiej istniały witraże dywanowe, wykonane w 1861 r., przez Instytut Witrażowy Adolpha Seilera z Wrocławia (dwa okna).
Prace nad oszkleniem katedry ciągnęły się przez pięćdziesiąt siedem lat (do 1911 r.), a udział w nich wzięły trzy znakomite pracownie: Adalberta Rednera z Wrocławia, Josepha Machhausena z Koblencji i Heinricha Oidtmanna z Linnich.
Pierwsze zlecenie otrzymała nadreńska firma witrażowa Heinricha Oidtmanna. Już w roku 1868 gotowe było przeszklenie dywanowe do dwunastu okien korpusu nawowego oraz witraże figuralne z postaciami apostołów, w architektonicznym obramieniu, do trzech okien północnych prezbiterium (ich osadzenie nastąpiło dopiero w roku 1874). Dzieło Oidtmanna nie spotkało się jednak ze szczególnym uznaniem ze strony kapituły.
Być może z tego powodu, przez kolejne czterdzieści lat, oszklenie katedry kontynuowały inne pracownie? Adalberta Rednera z Wrocławia i Josepha Marii Machhausena z Koblencji. Prace na oszkleniem nawy południowej rozpoczęto, w roku 1877, od dwóch okien kaplicy Zbawiciela, do których wrocławska pracownia Adalberta Rednera, wykonała witraże z wzorami dywanowymi. W ciągu kolejnych dwóch lat (1878 i 1880), w tym samym warsztacie, powstały dwa okna nawy południowej z ujętymi w architektoniczne ramy, scenami Narodzin Matki Boskiej i Ofiarowania w Świątyni. Okna te również nie zostały zbyt łaskawie ocenione przez kapitułę. Rozważano, czy w przyszłości nie należy ich zastąpić bardziej stosownym oszkleniem, ponieważ ufundowane zostały zanim określono program całego cyklu.
Ostatecznie jednak kapituła wzięła pod uwagę pomysł biskupa Philippa Krementza, który już w 1878 roku proponował aby okna południowe nawy i prezbiterium ozdobić przedstawieniami radości i cierpień Matki Bożej. Zdecydowano, mimo wcześniejszych zastrzeżeń, nawiązać do okien Rednera i kontynuować sceny maryjne. Jednak zadanie to powierzono już innej pracowni – Josepha Marii Machhausena z Koblencji, który był „ciepło polecany z wielu stron”, jak pisał proboszcz katedralny i historyk warmiński, Franz Dittrich. Program ikonograficzny, ukończonych w roku 1888, witraży odbiegał nieco od propozycji biskupa Krementza ograniczony został bowiem tylko do pięciu okien nawy i obejmował: tajemnice radosne, bolesne i chwalebne różańca świętego. W każdym z okien umieszczono po trzy obrazy medalionowe w ozdobnym obramieniu (z wyjątkiem okna nad kruchtą gdzie zmieścić się mogły tylko dwa). Sceny ujęte były w bordiurę z liści i pędów akantu przeplatanych wstęgą geometryczną (w trzech oknach) albo w architektoniczne ramy (w dwóch oknach). Witraże te, wykonane tradycyjną techniką, z angielskiego szkła antycznego, wpisały się znakomicie w gotycką bryłę katedry. Mówiono, że były to najlepsze witraże, jakie wyszły z pracowni Machhausena.
W roku 1907, po czterdziestu niemal latach, warsztat Oidtmana znów otrzymał zlecenie od kapituły warmińskiej. Pracownie w tym czasie prowadził, kolejny witrażysta z tej rodziny, Heinrich II Oidtmann, a zamówienie dotyczyło okien południowych prezbiterium, które miały głosić chwałę Trócy św i Matki Bożej, patronki katedry. Okno pierwsze od wschodu przedstawiało Te Deum, czyli wychwalanie Boga w Trójcy św. przez chóry aniołów, apostołów, męczenników oraz przedstawicieli kościoła na ziemi. Umieszczono tu postać ówczesnego biskupa Andreasa Thiela oraz członków kapituły, a wśród nich nawet proboszcza Dittricha, który zajmował się sprawami związanymi z oszkleniem katedry. Okno, drugie od wschodu, przedstawiało Chwałę Maryi, a wśród adorujących ją postaci znalazł się min. … Mikołaj Kopernik. Dwa kolejne okna (a właściwie „połówki” okien nad Kaplicą Polską), ukazywały, ujęte w architektoniczne ramy, sceny męczeństwa św. Andrzeja – drugiego patrona katedry oraz św. Wojciecha. Ponadto, w tym samym czasie, do okna wschodniego prezbiterium firma Oidtmanna wykonała również rozetę witrażową z przedstawieniem Gołębicy Ducha Św. Po czterech latach, od zakończenia tych prac, w roku 1911 r., Heinrich II Oidtmann otrzymał zlecenie dotyczące trzech okien północnych prezbiterium. Wykonane przez jego ojca, czterdzieści cztery lata wcześniej, witraże z postaciami apostołów, przepuszczały jakoby zbyt mało światła, więc postanowiono je zastąpić wypełnieniem witrażowym z jasnymi wzorami dywanowymi. W tym samym roku zamówiono także przeszklenie dywanowe z monogramem Maryi do okna nawy południowej (nad wejściem do kaplicy Zbawiciela).
Zniszczenia ostatniej wojny spowodowały, że z ostatniego oszklenia katedry fromborskiej ocalało niewiele. Choć większość katedralnych witraży powstała w warsztacie Oidtmanna z Linnich dziś niewiele zostało z jego pracy. Z sześciuset wykonanych przez tę pracownię kwater (stanowiących wypełnienie dwudziestu jeden okien) na miejscu pozostało zaledwie trzydzieści. Ocalała jedynie rozeta w ścianie wschodniej prezbiterium, okno nad kaplicą Zbawiciela oraz okna zachodnie korpusu nawowego. Z pięciu okien Machhausena (w których było dwieście dziesięć kwater) przetrwały tylko dwa (a w nich dziewięćdziesiąt kwater). Z dwóch okien Rednera, w nawie południowej, w całości pozostało tylko jedno. Natomiast Rednerowskie witraże dywanowe z okien kaplicy Zbawiciela, poważnie zniszczone, w latach 90. XX wieku zastąpiono nowymi. Przepadło również oszklenie Adolpha Seilera z Kaplicy Polskiej.
W roku 1995 Muzeum Mikołaja Kopernika we Fromborku podjęło rekonstrukcję pozostałości witraży zdjętych po wojnie z okien katedry. Przy współpracy wrocławskiej pracowni witrażowej Sławomira Oleszczuka udało się, jak dotąd, odtworzyć sześćdziesiąt kwater. Niewiele to, patrząc na straty, ale zarazem dużo, jeśli wziąć pod uwagę w jakim stanie znajdował się materiał nad którym rozpoczęto pracę, a były to destrukty kwater w postaci pogiętej siatki ołowiowej z resztkami szkieł oraz stos gruzu szklanego. Niestety powrót zrekonstruowanych kwater na ich historyczne miejsca w oknach katedry jest niemożliwy. Ze względu na fatalny stan zachowania konserwacja mogła być prowadzona tylko z myślą o ich umieszczeniu w warunkach ekspozycji muzealnej. Dziś zbiór ten stanowi unikalną, w skali kraju, muzealną kolekcję XIX i XX-wiecznych witraży sakralnych. Odzyskane witraże zobaczyć można na wystawie „Fromborskie Witraże”, w sali gotyckiej starego pałacu biskupiego na Wzgórzu Katedralnym.
Podczas rekonstrukcji udało się odtworzyć kwatery wszystkich warsztatów witrażowych zaangażowanych w ostatnie oszklenie katedry – Adolpha Seilera, Heinricha Oidtmanna, Adalberta Rednera, ale przede wszystkim Josepha Machhausena, którego witraży odzyskano najwięcej (czterdzieści sześć kwater). Rekonstrukcja prowadzona jest w dalszym ciągu, dlatego aranżacja wystawy ulega zmianom. Obecnie ekspozycja pokazuje głównie kwatery warsztatu Machhausena. Są tu fragmenty takich scen jak: Ucieczka do Egiptu, Odnalezienie Jezusa w świątyni, Święta Rodzina, Ukrzyżowanie Chrystusa, Pieta oraz Zesłanie Ducha Świętego.
